El Atlas de Luján organiza sus contenidos en cuatro Atlas, que a su vez disponen sus contenidos en subsecciones. Cada una de estas proponen un enfoque sobre ciertos elementos del ambiente local. Así, este Atlas posibilita una mirada sistémica pero tradicional sobre el ambiente y sus elementos. La construcción del Atlas se realiza desde miradas disciplinares sobre el ambiente, donde los contenidos de cada sección se elaborar a partir de los aportes de profesionales provenientes de distintas disciplinas.