El Atlas de Luján se organiza en cuatro Atlas que organizan sus contenidos en secciones. Cada una de estas proponen un enfoque sobre ciertos elementos del ambiente local. Así, este Atlas posibilita una mirada sistémica pero tradicional sobre el ambiente y sus elementos. La construcción del Atlas se realiza desde miradas disciplinares sobre el ambiente, donde cada sección otorga permisos a profesionales de cada disciplina científica a fin de puedan ofrecer un enfoque del ambiente desde sus respectivos objetos de estudio.